يشكو اهالي مدينة خانقين من التلوث الحاصل قريبا من مجزرة اللحوم النظامية في المدينة ، والتي هي محوطة بفضلات الحيوانات ومخلفات الذبح وبقايا الحيوانات المذبوحة والمتعفنة بالاضافة الى بركة المياه الآسنة التي تنبعث منها الروائح الكريهة وبصورة مقززة جدا، ناهيك عن انتشار الحشرات الناقلة والمسببة لكثير من الامراض بسبب وجود النفايات ومخلفات الحيوانات، هذا الامر بات هاجسا يقلق سكنة الاحياء القريبة واثار مخاوفهم من الاصابة بالامراض بسبب التلوث البيئي الواضح في المنطقة. سكنة الاحياء القريبة من مجزرة خانقين يطالبون الجهات صاحبة العلاقة ودائرة البلدية برفع المخلفات والنفايات وتجفيف المياه الآسنة، وإلزام ادارة المجزرة بالمحددات البيئية والشروط الصحية في جزر الحيوانات والتخلص من مخلفات الجزر للحد من التلوث، وتجنيب الناس الامراض الوبائية وغيرها.
